פרופ' אבי שגיא הוא עמית מחקר במרכז קוגוד לחקר המחשבה היהודית ולהגות עכשווית במכון שלום הרטמן. הוא מלמד במחלקה לפילוסופיה באוניברסיטת בר אילן, שבה ייסד וניהל שנים ארוכות את התוכנית ללימודי פרשנות ותרבות. תוכנית זו היוותה חידוש ופריצת דרך בתחום הלימודים הבין-תחומיים בארץ ובעולם.
הוא עורך את סדרת הספרים "פרשנות ותרבות" ומכהן כעורך של כתב העת תרבות דמוקרטית (עם חנן מנדל וידידיה שטרן). הוא אחד מארבעת מנסחי מסמך רוח צה"ל וחבר אקדמי בוועדות הפטור מטעמי מצפון.
שגיא כתב וערך למעלה מ-40 ספרים וכן מאות מאמרים בתחומי הפילוסופיה הכללית והיהודית, בתחומי ההלכה, חקר הספרות וביקורת התרבות.