הרב שי זרחי הוא ממייסדי ומובילי בית המדרש לרבנות ישראלית של מכון הרטמן והמדרשה באורנים.
הוא ייסד את קהילת "ניגון הלב" בעמק יזרעאל ומכהן כרב הקהילה, נמנה על מייסדי המדרשה ליהדות ישראלית באורנים, ייסד ועמד בראש בית המדרש "ניגון" ללימוד ויצירה עבור מנהיגות משותפת לדתיים וחילוניים, וכן ייסד וניהל את בית המדרש "תהודה" למנהיגות יהודית (במסגרת בית המדרש "קולות").
זרחי הוא חתן פרס ליבהבר לעידוד סובלנות דתית בישראל.
הוא היה עורך שותף של החיבורים "הצעה לסדר – הגדה לפסח" ושל "ימי אדם – טקסי חיים".