הפניית תשומת הלב לאופיה המהפכני של הפרשנות החז"לית היא אחד ההישגים החשובים של המכון בעשורים הראשונים לקיומו. עבודתיהם של משה הלברטל ודני בויארין, ושל חברינו המנוח אהרן שמש, התגבשו בבית מדרשינו ובהשראת תובנותיו של דוד הרטמן. עבודות אלו עמדו על עומק ההבנה של המקרא המלווה את המדרש מחד ועל התעוזה המוסרית והפרשנית של בעלי המדרש מאידך. אך עם זאת מעט מדי הוקדש לשאלת הכשלונות הפרשניים של מפעלם של חז"ל. 

נבחין בסמינר בין שני סוגי מחירים מוסריים, מבניים וספציפיים: ראשית, המחירים המוסריים של עצם השתלטות השפה ההלכתית בחז״ל: הפיכת הכל למצווה, לתורה. שנית, המחירים המוסריים של הכרעות שונות, מהלכים פרשניים ששוברם המוסרי בצדם. למשל שינוי המשמעות של המלה 'גר' במקרא למי שעבר הליך גיור – ניטרל בפועל את דאגת המקרא ללא יהודי החי בינינו. היפוך זה צובע עד עצם היום הזה את יחסם של יהודים שומרי מצוות ללא יהודי. הפרוזבול של הלל הציל את הכלכלה – אבל האם במחיר ויתור על האוטופיה של התורה?

בה בעת נעסוק גם במנגנוני התמודדות ותיקון בשיח ההלכתי. מחד נבחן את הרפלקסיות התלמודיות כלפי שאלות אלו, הן ברמה הספציפית והן המבנית. מאידך נבחן את מנגנוני התיקון שנוצרו בהלכה, כגון לפנים משורת הדין, או הדגש על עיצוב הישות המוסרית (חסידות) כדרך לאזן את הכל נוכחות של ההלכה.