הלימוד הוא לבה של תוכנית חברותא והוא הציר המרכזי שסביבו מתקיימת הפעילות. הוא מציג בפני החניכים תמונה רחבה המורכבת מטקסטים יהודיים קלאסיים ומודרניים, ומייצר גשר ביניהם ובין סוגיות החברה היהודית בת זמננו.
הלימוד הוא מרכיב עיקרי בתוכנית חברותא שנועד לחשוף את המשתתפים לשונה ולדומה בין קבוצות בעם היהודי בישראל בתפוצות ומייצר דיון חדש ונטול פניות על משמעות קיומה של מדינת ישראל עבורם. את התכנים הללו משלים קורס מעמיק בתלמוד המאפשר היכרות והעמקה בטקסט המכונן, וכולל למידה עצמאית של החניכים בחברותות.
אופי הלימוד מותאם לבירור סוגיות זהות ולפיתוח חשיבה מנהיגותית, ועל כן כולל מלבד לימוד פרונטלי, גם למידה בקבוצות קטנות ולימוד בית מדרשי בחברותות. שפת הלימוד של התוכנית היא אנגלית – כלי המכשיר את החניכים להמשך השיח עם קהילות העולם היהודי. במקביל, החניכים מצפון אמריקה רשאים להשתתף בקורס אולפן בעברית כדי לשפר את כישורי השפה שלהם.
אנחנו שואפים שכל החניכים בחברותא ירגישו בני בית בארון הספרים היהודי ויוכלו להתמצא בטקסטים המכוננים הללו, ולהיעזר בהם בצמתים שונים בחייהם. לפיכך החניכים בוחרים בכול סמסטר ארבעה קורסי עומק הנוגעים לתחומים שונים במחשבה היהודית: פילוסופיה, תנ״ך, מגדר, קבלה, חסידות וציונות.