המונח "טוהר הנשק" הוא צירוף ישראלי ייחודי. הוא הופיע לראשונה בשיח הציבורי בשנת 1939 על רקע התגברות האיוּם הערבי על היישוב היהודי בארץ-ישראל. הימים היו ימי שלהי מאורעות תרצ"ו-תרצ"ט, במהלכם קיפחו את חייהם כארבע מאות מבני הישוב, ובציבור התחולל ויכוח סוער על דרכי התגובה המתאימות כלפי הטרור הערבי. את המושג "טוהר הנשק" טבע ברל כצנלסון והוא שיקף את הקו המרכזי שאימצו מנהיגי הישוב מכל קצות הקשת הפוליטית והחברתית לנוכח התגברות פעולות-תגמול של יהודים נגד ערבים חפים מפשע:

יהי נשקנו טהור. אנו לומדים נשק, אנו נושאים נשק, אנו מתייצבים בפני הקמים עלינו. אך איננו רוצים שנשקנו יוכתם בדם נקיים.

ב' כצנלסון, כתבים, כרך ט', עמ' 66-65

קריאת מנהיגי היישוב להגביל את השימוש בכוח לפגיעה בתוקפים בלבד, תוך הימנעות מפגיעה בחפים מפשע, עמדה בניגוד לרעיון של "דם תחת דם", לפיו הגנת היישוב היהודי בארץ-ישראל מצדיקה פעולות תגמול באוכלוסייה הערבית ללא כל הבחנה. מעבר לטעמים התועלתניים-מדיניים שהובילו לעמדה זו, שיקפה מדיניות הנהגת הישוב את קבלת עקרון הצדק בלחימה הקובע שגם בעתות מלחמה, כאשר חיי הפרט או הישרדות הקבוצה בסכנה, חלות מגבלות מוסריות על הפעלת כוח לשם הגנה עצמית. צירוף המושגים "נשק" ו"טוהר" משקף, אם כן, את אמונתם של מנהיגי הציונות כי אפשר להילחם מלחמת מגן מבלי לאבד צלם אנוש, ועל כן חובה עלינו לנהל את מלחמת קיומנו בכפוף לאמות מידה מוסריות.

הדיון בשאלות מוסר בעת מלחמה נמשך גם בזמן מלחמת הקוממיות, ואף לאחר קום המדינה. בשירו "על זאת" הגיב נתן אלתרמן על אירוע שהתרחש במהלך מלחמת העצמאות, כנראה בכפר דווימה שבדרום הר חברון, ובו נרצחו עשרות מתושבי הכפר.

חָצָה עֲלֵי גִ'יפּ אֶת הָעִיר הַכְּבוּשָה,

נַעַר עַז וְחָמוּש… נַעַר-כְּפיר.

וּבָרחוֹב הַמֻדבָּר

אִישׁ זָקֵן וְאִשָה

נִלְחֲצוּ מִפָּנָיו אֶל הַקִּיר.

וְהַנַּעַר חִיֵך בְּשִׁנַּים-חָלָב:

"אֲנַסֶה הַמִּקְלָע"… וְנִסָה.

רַק הֵלִיט הַזָקֵן אֶת פָנָיו בְיָדָיו…

וְדָמוֹ אֶת הַכּותל כִּסָה.

אלתרמן התריע בשירו על הפגיעה בחפים מפשע ועל הצורך למחות על מעשים אלה ולא לקבלם בשתיקה. ראש הממשלה דוד בן-גוריון אימץ את עמדת אלתרמן וכך הוא הגיב על דבריו:

היית לפה – פה טהור ונאמן – למצפון האנושי; אם מצפון זה לא יפעל ויפעם בלבנו בימים כאלה – לא נהיה ראויים לגדולות ולנצורות שניתנו לנו עד כה.

(השיר ודברי בן-גוריון הובאו אצל: מנחם פינקלשטיין, "הטור השביעי וטוהר הנשק", עמ' 153, 170-163)

מציאות המלחמה מעמתת אותנו עם הצורך להתמודד עם הטעמים שבבסיס ההבחנה המוסרית בין פגיעה בנפש מותרת לבין פגיעה אסורה. בנסיבות רגילות ישנו איסור כמעט מוחלט על נטילת חיים. אולם מן הרגע שאדם לובש מדים ומחזיק בנשק מטעם המדינה מותר לו לעשות שימוש בנשקו עד כדי הריגה, אם כי במגבלות חמורות, והוא עצמו הופך למטרה לגיטימית לתקיפה על-ידי הצד השני. ואכן, המוסר המקובל, ובעקבותיו דיני המלחמה הבינלאומיים, מתירים הרג של לוחמים בידי לוחמים אחרים; זאת גם כאשר אחד הצדדים לוחם מלחמה בלתי-צודקת. אולם במקביל,  גם במצב קיצוני וכאוטי כמו מלחמה נדרשים כל הצדדים הלוחמים להבחין בין הריגה כזאת, שהיא מותרת על פי דיני המלחמה ועקרונות המוסר מצד אחד, לבין הריגה שהחוק והמוסר אוסרים מצד שני. סוג ההריגה האחרונה אף מהווה בנסיבות מסוימות פשע מלחמה. ההבדל בין חיילים לבין רוצחים, אם כן, הוא שיקול הדעת המוסרי שחיילים נדרשים להפעיל בהתאם לעקרונות הבסיסיים של מוסר בלחימה, בבחירת המטרה לתקיפה ובאופן הפגיעה בה.

רכיב מרכזי באתוס הצה"לי הוא היותו צבא מוסרי והומני. ערך "טוהר הנשק" מגלם רכיב זה ובו מנוסחים עקרונות המוסר שאמורים להנחות את שיקול הדעת של החייל בשדה הקרב. מסמך "רוח צה"ל", הקוד האתי אליו מחויבים כל המשרתים והמשרתות בצבא ההגנה לישראל, מגדיר את ערך  "טוהר הנשק' באופן הבא:

החייל ישתמש בנשקו ובכוחו לביצוע המשימה בלבד, אך ורק במידה הנדרשת לכך, וישמור על צלם אנוש אף בלחימה. החייל לא ישתמש בנשקו ובכוחו כדי לפגוע בבני אדם שאינם לוחמים ובשבויים, ויעשה כל שביכולתו למנוע פגיעה בחייהם, בגופם, בכבודם וברכושם.

הגדרה תמציתית זו מכילה את ארבעת העקרונות הבסיסיים של מוסר בלחימה המבדילים בין פגיעה הריגה מותרת במלחמה לבין פגיעה-הריגה שאינה מותרת, גם כאשר מדובר בפגיעה בחפים מפשע:

1. עקרון ההכרחיות – השימוש בכוח ובנשק יתבצע אך רק כאשר הדבר הכרחי לביצוע משימה בעלת ערך צבאי, ובמידה הנדרשת לכך בלבד.

2. עקרון ההבחנה – השימוש בכוח ובנשק יכוון אך ורק למטרות צבאיות לגיטימיות. בני-אדם שאינם מעורבים בלחימה (אזרחים), לוחמים שניטלה מהם יכולת הלחימה (שבויים או פצועים), ואובייקטים אזרחיים במהותם (כגון בתי-מגורים או מקום פולחן) אינם מטרה לגיטימית לתקיפה מכוונת.

3. עקרון המזעור – על החייל כפרט ועל צה"ל כארגון מוטלת החובה לעשות "כל שביכולתם" כדי למזער את הפגיעה באנשים בלתי-מעורבים. הדרישה לעשות "כל שביכולתם" כוללת הזהרת אזרחים לפני תקיפה ופינויים מאזורי קרב, פיתוח ושימוש באמצעי אל-הרג ובתחמושת ממוקדת, ובחירת זמן ומקום לתקיפה שימזערו את הסיכוי לפגיעה באנשים חפים מפשע או את מספר הנפגעים הצפוי. במסגרת נטילת אחריות, העקרון דורש גם שחיילים ייקחו על עצמם סיכון מחושב כדי להפחית את הסיכון לאזרחים.

4. עקרון המידתיות – עקרון זה קובע שהנזק הנלווה הצפוי מפעולה צבאית לגיטימית מבחינת כמות הנפגעים הצפויה בקרב אזרחים ו/או הרס תשתיות אזרחיות צריך להיות מידתי ביחס לערך הצבאי של המשימה שתושג בפעולה. על כן, כאשר מעריכים שפעולה צבאית מסוימת תביא בעליל לפגיעה במספר רב של אנשים בלתי-מעורבים, חובה על המפקדים בדרג האסטרטגי לשקול את ביטול המשימה או את דחייתה, וזאת ובהתאם למידת חשיבותה למאמץ המלחמתי ביחס לחיי האדם העומדים מנגד.

מטרתו של ערך "טוהר הנשק" כפולה: ראשית, למזער את מוראות המלחמה בכלל ואת הפגיעה בבני אדם שאינם מעורבים בלחימה בפרט; שנית, לאפשר לחייל לבצע את משימתו בנחישות ובמקצועיות תוך שמירה על צלם אנוש והומאניות גם בתנאים הקשים השוררים בעת לחימה.

העובדה שאחרי אלפי שנות לחימה, האנושות מכירה בחובתה למזער את הפגיעה בבני-אדם ובסביבה גם בעת לחימה היא הישג תרבותי ומוסרי מהמדרגה העליונה. מחויבותו של צה"ל לערך "טוהר הנשק" היא ביטוי לחשיבות שצה"ל מייחס לשמירה על חיי אדם ועל כבוד האדם. דווקא כאשר התותחים רועמים וחיי אדם מונחים על הפרק – חשוב לדבוק באנושיותנו בכך שנקפיד לכבד את אנושיות הזולת, גם כאשר מדובר באדם השייך לקולקטיב המאיים עלינו.